Baybars zamanında eski bir tapınağın yerine yapılan cami, IX. yüzyılda depremden zarar gördüğü için yeniden yapılmış ve minare eski şeklini korumuştur.
Kitabesinde yeniden yapım tarihi olarak hicri 1275 yazmaktadır. Caminin bir köşesinde, Hz. İsa tarafından gönderilen resullere ilk defa inanan ve onları korurken şehit olan Habib Neccar’ın türbesi vardır. Habib-i Neccar , Ms. 40 lı yıllarda Antakya’da yaşamıştır. Roma döneminde Antakya halkı putperest olduğu için, Cenab-ı Hak Hz. İsa ‘ya Antakya halkı için iki resul göndermesini emreder. Hz. İsa Antakya halkı için 2 resul, daha sonrada bir resul daha gönderir. Resulların halkı İrşada devam etmesine ilk inanan Habib-i Neccar olur. Antakya’lılar bu olaya inanmayarak, resulleri taşlayarak öldürmeye karar verirler. Habib-i Neccar uzaklardan koşup gelerek, resullerin doğru söylediklerini ve onlara inanmaları gerektiğini söyler. Burada bulunan putperestler Habib-i Neccar ‘a bunlar seni kandırmışlar, ya eski dinine dönersin yada ölürsün şeklinde tehdide başlarlar. Bu müritler dediklerini yaparak. Habib-i Neccar ı öldürürler, Habib-i Neccar’ın şehit edilmesi ile ilgili bir çok rivayet vardır. Bunların en yaygın olanı ve halkın anlattığı olay şöyledir: Habib-i Neccar ın başı Silpiyus dağında ayrılır. vücuttan ayrılan baş, yuvarlanarak bugün cami ve türbesi bulunan yere gelir (bugün vücudu şehit edildiği mağarada başı ise caminin yanında bulunan türbededir) Başka bir rivayete görede, Habib-i Neccar kopan başını koltuğu arasına almış, Kur’an dan ayetler okuyarak bir süre dolaşmış ve bugün türbesi bulunan yere kadar gelerek, buraya düşmüştür.