Hatay’da kazı çalışmaları 1932 yılında başlamıştır. 1933-1938 yılları arasında Amik Ovası’nda Cüdeyde, Dehep, Çatalhöyük ve Tainat’ta, Chicago Üniversitesi, Chicago Oriental Institute tarafından kazı çalışmaları yapılmıştır. 1936 yılında, British Museum adına Sir Leonard Wolley Samandağı, El-Mina Mevkii’nde, 1937’den 1948 senesine kadar da aralıklarla, Açana Höyüğü’nde hafriyat ve kazı çalışmaları yürütülmüştür.
1932-1939 yıllarında Princeton Üniversitesi’nin yaptığı araştırmalarla müzenin esas zenginliğini oluşturan mozaikler ortaya çıkartılmıştır. Bu zenginlikler, merkezi Antakya’da olmak üzere Harbiye, Narlıca, Güzelburç, Samandağ ve çevresinde yapılan kazılar sonucu çıkartılan ve koleksiyonu tamamlayan mozaiklerdir.
Antakya’da yürütülen 1932-1939 yılı kazı çalışmalarında çoğu Roma dönemine tarihlendirilen mimari ve diğer buluntular kentin zenginliğini ve ihtişamını ortaya sermiştir. The Committee for the Excavation and its Vicinity adlı komitenin yaptığı kazı çalışmaları başta Antakya, Harbiye olmak üzere Samandağ’da Seleuceia Pieria da sürdürülmüş ve kazılarda ortaya çıkan zengin mozaik eser koleksiyonu bugün dünyanın yaklaşık 20 müzesine ve özel koleksiyonlarına dağılmış durumdadır.
Antiokheia kökenli bir çok eser bugün Hatay Arkeoloji Müzesi’nin yanı sıra Princeton Universitesi Sanat Müzesi (ABD), Worcester Müzesi (ABD), Louvre (Fransa) gibi müzelerde saklanmakta veya sergilenmektedir.
Kazılarda çıkan eselerin tek yerde toplanması için başlayan çalışmanın ardından 1939 yılında tamamlanan Hatay Arkeoloji Müzesi, 23 Temmuz 1948 yılında Hatay’ın Anavatana katılışının 10. yılında ziyaretçilere açılmıştır. Müzenin 8 sergi salonundan biri olan Lahit Salonu 2000 yılında tamamlanarak teşhire sunulmuştur. Müzede yer alan 8 sergi salonuna ek olarak müze bahçesinde de eserler yer almaktadır. 5 deposu bulunan müzenin 1.140 metrekarelik bir oturma alanı mevcuttur. Eserler 984 metrekarelik bir alanda sergilenmektedir. 2011 yılı itibarıyla toplam eser sayısı 35.433.
Yeni Müze Binasının Açılması
Mevcut müze binasının ihtiyaçları karşılayamaması ve zengin koleksiyonun daha iyi sergilenmesi amacıyla; Hatay’da yeni bir Arkeoloji Müzesi’nin yapımı planlanmış, temeli 26 Mayıs 2011 tarihinde atılan yeni müze binası 28 Aralık 2014 tarihinde açılmıştır. Hatay’ın ilk çağlardan, ortaçağa kadar çeşitli kültürlere tanıklık eden yapısının korunduğu, araştırıldığı, yorumlandığı, herkesin dikkatine ve beğenisine sunulduğu, yeni müzecilik anlayışının tüm gerekliliklerini kapsayan Yeni Hatay Arkeoloji Müzesi yeni binasının açılması ile birlikte dünyanın ikinci büyük mozaik sergileme alanına sahip müzesi niteliği kazanmıştır.